제2공항과 관련해 민간공항이냐, 아니면 군사공항이냐에 대한 논란이 일고 있다.

더불어민주당 교섭단체 대표인 양영식 의원은 “국토교통부는 2공항 전략환경영향평가 보완용역 관련해 제주도에 어떤 자료 협조도 하지 않고 있다. 특히, 원희룡 국토부 장관이 오영훈 제주지사의 수차례 면담 요청도 거부하면서 불통 공항을 만들고 있다”며 원희룡 장관과 국토부에 대해 군사공항 의혹에 대한 불만을 터트렸다.

이어 양 의원은 “원 장관은 지금이라도 보완용역 결과를 투명하게 공개해야 한다. 공개검증을 거쳐 최종적으로 도민의 의사를 확인할 필요가 있다”며 도민들이 제주 제2공항 문제를 주도적으로 풀어나가야 한다고 목소리를 높였다.

이어 국민의힘 교섭단체 대표 강충룡 의원은 “최근 잦아지는 폭설, 태풍(예측이 불가능한 자연재해)때문이라도 제주에 제주 제2공항이 반드시 필요한 상황이라며, 5조원 이상 건설경기 효과는 물론 5만 명 이상 고용 창출 효과 등 (낙후된 제주 동부지역을 포함해)제주경제를 활성화시키는 기폭제가 될 것”이라며 제주 제2공항의 긍정적 기대효과의 상당함을 피력했다.

그리고 양 의원이 바로 전에 비판했던 제주 제2공항이 군사공항이 될 것이라는 지적에 대해 강 의원은 “국토부는 보도자료를 통해 2공항은 순수 민간 공항으로 건설·운영될 계획이라고 밝혀 군사공항으로 활용될 계획은 전혀 없다는 입장을 명확히 했다. 이와 더불어 정진석 국민의힘 비대위원장 역시 순수한 민간공항으로 추진될 것임을 공언한 바 있다”며 군사공항 의혹은 일고의 가치가 없는 낭설(浪說)이라고 밝혔다.

한편, 국토부는 지난 2019년 6월 평가서 초안을 제출한 이후 같은 해 9월과 2021년 6월에 각각 보완서와 재 보완서를 제출했으나,  환경부가 협의에 필요한 중요사항의 누락과 보완내용의 미흡을 사유로 반려했다.