서울대학교가 법인으로 전환된 2012년 이후, 결산기준 수익은 316억원의 적자를 기록한 반면, 교직원들에 대한 1회성 보너스를 총 240억원이나 지급한 것으로 드러났다.

국회 교육문화체육관광위원회 윤재옥 의원(새누리당, 대구 달서을)이 서울대학교법인으로부터 제출받은 자료에 따르면,

서울대학교법인은 2012회계연도에 81억3천1백만원의 흑자를 기록한 이후, 2013회계연도에는 217억4천4백만원, 2014회계연도에는 180억1천4백만원의 연속으로 적자를 기록해서 법인화 이후 3년간 316억원의 적자를 기록하고 있다.

반면, 학교법인에서는 서울대학교가 법인화 이후 연구부문에서 성과를 거두고 있어 교원들의 지속적인 교육 및 연구역량 제고를 위한다는 이유로 2013년12월30일 전임교원 및 기금교원 1,917명에게 교육연구장려금 명목으로 법인회계에서 250만원과 교육연구역량 지원사업 명목으로 발전기금에서 250만원씩 총 93억7천만 원을 지급했다. 2014년7월25일에도 동일한 이유로 1,912명에게 총 94억2천만원을 지급했다.

학교법인이 교원들에게 2년간 일회성 보너스로 지급한 금액은 총 187억9천만 원에 달한다.

또, 서울대학교법인은 직원들에 대한 동기부여 및 우수인재 유치를 위한다는 명목으로 2012년에는 1,066명에게 평균 64만원씩 총 6억8천9백만원, 2013년에는 1,087명에게 평균 185만원씩 총 20억1천1백만원, 2014년에는 1,107명에게 평균 230만원씩 총 25억7천1백만원을 각각 지급했다. 학교법인이 교원들에게 3년간 일회성 보너스로 지급한 금액은 총 52억7천2백만원에 달한다. 이 예산은 법인회계 내의 정부출연금과 등록금이 아닌 공개강좌 운영수익 등 자체수입으로 충당했다.

2014년 연말 직원들에게 일괄 지급된 보너스가 전년도에 비해 급등한 이유는 2014년12월18일 서울대노조와 체결한 ‘2014년 단체(임금) 협약 보충협약’에서 결정된 것으로 2014년 교육부의 대학운영성과 평가결과 우수로 평가를 받는 등 법인체제 정착에 노고가 많은 직원들의 사기양양 및 근무의욕 고취를 위한 격려라는 지급 근거를 밝히고 있다.