제주특별자치도감사위원회는 제주특별자치도해양수산연구원에 대한 재무감사 결과 시설공사 계약체결 업무를 소홀히 한 관련 공무원 등 총 13명에 대하여 도지사에게 신분상 처분(경징계2, 훈계10, 주의1)을 요구하고, 업무를 부적정하게 처리한 14건에 대하여도 행정상 통보(2)․시정(3)․주의(9)를 요구하는 한편, 재정상 조치로 2천2백2만4천원을 회수토록 요구했다. 그리고 연구목적 물품을 구입하면서 계약 및 지출업무가 정당하게 이루어지지 않은 사항 등에 대하여는 수사를 의뢰했다.

특히 새로운 양식품종 개발 및 산업화를 추진하면서 수산종묘의 생산계획 등에 대한 심의를 거쳐야 함에도 이를 제대로 이행하지 않았으며, 업무협약 체결(MOU)를 하면서 각종 기록관리 및 평가회 개최 등 사후관리를 제대로 이행하지 않고 있어 업무협약에 대한 실효성이 확보될 수 있도록 방안을 강구하도록 요구했다. 

그 외에도  “전시시설 리모델링 제작․설치 공사”를 협상에 의한 계약체결 방법으로 추진하면서 입찰공고 시기 단축 및 과도한 설계변경을 통한 계약금액 증액, 공사기간 부당연장 사례,“홍해삼 다단형 양식시스템 제작․구매 및 설치”를 하면서 계약심사를 받지 않은 사례와 시설공사를 물품의 제작․구매로 발주하는 등 부적정하게 계약업무를 처리한 사례에 대하여는 주의요구를 실시했다.