제주해군기지 건설과정에서 국정원, 경찰과 해군 등 국가기관과 지방자치단체에 의해 마을 투표를 방해, 절대보전지역 날치기 해제 등 공권력 남용과 인권침해가 심각한 것으로 드러났다.
해군기지 반대위는 “잘못된 해군기지 추진 과정에 대해 강정마을 주민들에게 즉각적으로 사과하고 지체 없이 국가차원의 진상조사단을 꾸려 제주해군기지 입지선정과정과 추진과정에 대한 전면적인 진상조사를 실시할 것”을 요구하며 “문재인 정부는 이번 조사 결과에서 잘못된 행위에 가담한 국정원, 해군, 경찰측 관계자에 대해서 책임 있는 조치를 취해야 할 것과 원희룡 지사 역시 제주해군기지 추진 과정에 대한 제주특별자치도 차원의 진상조사와 관련자에 대한 처벌을 진행해야 한다”고 밝혔다.
이어 제주해군기지 반대위는 “원희룡 도지사는 그동안 특별자치도 차원의 잘못된 행위에 대해 깊은 반성을 통한 사과를 하고 관련자를 처벌해야 한다”며 “무소불위의 권력을 휘두른 도지사가 가장 큰 책임이 있다할 것이나 맹목적으로 따른 공무원 또한 그 책임에서 자유로울 수 없다고 본다. 원희룡 도지사 역시 약속했던 제주해군기지 추진 과정에서의 진상규명 작업을 지금이라도 이행해야 할 것”을 촉구했다.